[Date Prev][Date Next][Thread Prev][Thread Next][Date Index][Thread Index]

[modeller_usage] atom clashed

Dear all:
  When I get the models from modeller, there are always some atom clash。How to solve this problem? Could modeller solve this by itself? I get models from "model-changeopt.py", and set a.md_level = refine.slow a.repeat_optimization = 50
Here is the results for the best model:

 Strongest energies for the  vdWaals  interactions
 _____________________________
_______________
    1     236 .GLU.N   -    236 .GLU.CD     2.697            1.7143
    2     318 .ASP.CG  -    318 .ASP.C      2.844            1.7121
    3     278 .ASP.CG  -    278 .ASP.C      2.845            1.7029
    4      99 .ASP.O   -    101 .ASN.N      2.532            1.6450
    5     143 .ARG.O   -    161 .GLY.N      2.547            1.4700
    6     250 .TYR.CG  -    250 .TYR.C      2.885            1.3172
    7     244 .ASP.O   -    248 .ASP.N      2.563            1.3145
    8     214 .ASP.CG  -    214 .ASP.C      2.888            1.2951
    9     411 .THR.O   -    412 .LEU.C      2.710            1.2663
   10     385 .ALA.O   -    386 .ASP.C      2.713            1.2380
   11     244 .ASP.N   -    249 .ARG.O      2.578            1.1794
   12     275 .SER.HA  -    285 .ILE.O      2.185            1.1460
   13     294 .ASP.O   -    295 .GLY.C      2.725            1.1418
   14     289 .TRP.CG  -    289 .TRP.C      2.907            1.1394
   15     276 .PHE.CG  -    276 .PHE.C      2.914            1.0910



_____________________________________________________________________________


 Strongest energies for the  H-bonds  interactions
 ____________________________________________
    1     344 .ASN.HD21-    344 .ASN.O      1.850           -1.5000
    2     442 .ALA.O   -    445 .SER.H      1.850           -1.5000
    3      96 .GLY.O   -    105 .VAL.H      1.850           -1.5000
    4     397 .GLY.O   -    399 .THR.H      1.850           -1.5000
    5     230 .LEU.H   -    235 .PHE.O      1.850           -1.5000
    6     134 .ASP.OD2 -    164 .ARG.HH12   1.850           -1.5000
    7     353 .ILE.O   -    511 .ALA.H      1.850           -1.5000
    8     398 .SER.HG  -    398 .SER.O      1.849           -1.5000
    9     106 .GLN.HE22-    142 .PHE.O      1.849           -1.5000
   10      71 .PRO.O   -     74 .LYS.H      1.849           -1.5000
   11     206 .SER.HG  -    208 .GLN.O      1.848           -1.4999
   12     478 .ASP.O   -    480 .SER.H      1.848           -1.4999
   13     365 .VAL.O   -    475 .SER.H      1.852           -1.4999
   14      56 .LEU.O   -     59 .TRP.HE1    1.848           -1.4999
   15     177 .ASN.OD1 -    180 .LYS.H      1.852           -1.4999



_____________________________________________________________________________


 Strongest energies for the  Elect.   interactions
 ____________________________________________
    1      31 .HIS.HE2 -    117 .PRO.O      1.872           -6.9175
    2      50 .HIS.HE2 -    118 .TYR.O      1.940           -6.4947
    3     406 .PRO.O   -    513 .ASN.OD1    2.707            6.0365
    4     348 .ASP.O   -    513 .ASN.O      2.771            5.8644
    5     294 .ASP.O   -    295 .GLY.C      2.725           -5.8603
    6     385 .ALA.O   -    386 .ASP.C      2.713           -5.8427
    7     340 .VAL.O   -    524 .LEU.O      2.774            5.7495
    8     411 .THR.O   -    412 .LEU.C      2.710           -5.7430
    9     326 .GLN.O   -    488 .GLY.O      2.738            5.6908
   10       9 .HIS.HE2 -    483 .GLU.OE2    1.871           -5.6896
   11     134 .ASP.O   -    135 .ILE.C      2.798           -5.6414
   12     201 .ASP.O   -    225 .VAL.O      2.878            5.5602
   13     362 .GLN.OE1 -    530 .ASP.O      2.901            5.5484
   14     386 .ASP.O   -    387 .LEU.C      2.822           -5.5457
   15     441 .ASP.CG  -    441 .ASP.O      2.899           -5.4778



_____________________________________________________________________________

                           Non-bonded contributions
                          _________________________


  Normal pairs
              H-bonds :   N.pairs=  14516  energy=  -861.
              Elect.  :   N.pairs= 687078  energy= -0.402E+04
              vdWaals :   N.pairs= 699117  energy= -0.443E+04

   1-4 pairs
              H-bonds :   N.pairs=      5  energy= -0.137
              Elect.  :   N.pairs=  21311  energy=  0.430E+04
              vdWaals :   N.pairs=  21306  energy=   288.

       Total
              H-bonds :   N.pairs=  14521  energy=  -861.
              Elect.  :   N.pairs= 708389  energy=   282.
              vdWaals :   N.pairs= 720423  energy= -0.414E+04

 Total non-bonded energy : -0.472E+04